肝癌目前明确的发病机制尚不完全清楚，临床研究认为其发病是多因素、多步骤的复杂过程。受环境和饮食双重因素影响，原发性肝癌的发病与乙型肝炎病毒和丙型肝炎病毒感染、黄曲霉毒素、饮水污染、酒精、肝硬化、性激素、亚硝胺类物质、微量元素等有相关。

上述各种因素会导致肝细胞变性和坏死，诱发癌症，因此肝脏组织局部坏死可能诱发癌变。

而继发性肝癌的发病可通过不同途径，由原发病灶转移，如随血液、淋巴液转移或直接浸润肝脏而形成疾病。