肛瘘通常是由于肛周脓肿急性炎症消退为慢性炎症所致，偶尔也可继发于肛门外伤之后，结核性的肛瘘是非常罕见。

肛瘘是一种慢性的炎症性疾病，通常是由于肛隐窝内肛腺感染化脓，引起肛门周围软组织的急性化脓性炎症；当治疗不规范或者手术治疗失败后，急性炎症会逐渐转为慢性炎症，从而形成肛瘘。

当肛门受到穿透性的外伤后，也会形成肛瘘；当肛门软组织受到结核分支杆菌的侵袭后，则会形成罕见的结核性肛瘘；肛瘘进行保守治疗无效，只能选择手术治疗。