慢性扁桃体炎会反复发作，对机体造成的危害如下：

第一，慢性扁桃体炎反发作会出现咽部疼痛、咽部的异物感、发热等症状，病情反复发作会影响患者的工作和学习。

第二，局部感染，本病发作会引起局部感染性疾病，例如鼻炎、鼻窦炎。

第三，全身疾病，慢性扁桃体炎如果发作会引起全身性的疾病，例如风湿热、急性肾小球肾炎、心肌炎等。

第四，慢性扁桃体炎如果反复发作，有可能引起机体的免疫能力和抵抗能力的下降，而诱发其它的疾病。

慢性扁桃体炎的首选治疗是扁桃体切除术。