肛门内部隐隐作痛，可能是感染性疾病、痔疮、肛乳头瘤等原因有关。

感染性疾病，比如肛窦炎、肛管炎、肛周脓肿会引起肛门出现隐隐作痛。尤其是肛门脓肿属于化脓性的炎性疾病，会导致肛门里外疼痛剧烈，皮肤升温、触摸有波动感。也可能是痔疮引起，如果痔疮突出肛门引起充血、水肿，导致肛门坠胀不适，也可导致隐隐作痛。受到炎症反复刺激会造成肛乳头局部形成纤维化，形成肛乳头瘤也会压迫肛门神经引起隐隐作痛。

排除上述原因，也考虑是直肠炎由于致病菌对直肠黏膜造成刺激，引起大便次数增多，排便次数过多，细菌污染肛门形成小溃疡面，也可导致肛门隐痛。