导致肛门里面隐隐作痛的原因常见的有以下几个：

第一，肛裂。肛裂患者会表现为排便时以及排便后肛门疼痛症状，但疼痛大多与排便有关。

第二，痔疮。当痔疮局部感染或者血栓形成导致充血、水肿时，也会引发肛门内疼痛症状，肛门指诊可触及肿大的痔核。

第三，肛窦炎。肛窦开口朝上，所以容易导致肛窦内积存粪便而引发肛窦出现感染，会表现为肛门内隐痛不适，肛门指诊可触及结节状的肛窦，伴有压痛。另外，还有可能是肛周脓肿、肛瘘等疾病所引发的。