一般宝宝发烧39.6℃不会烧坏脑子，也可能会影响大脑正常功能，需要根据具体情况而定。

通常情况下宝宝发烧39.6℃，如果没有相关并发症发生，比如复杂性高热惊厥、脑膜炎等，不会烧坏脑子。因为发烧是机体正常的病理表现，主要是由于在致热原的影响下导致的体温上升。及时给予有效的退热措施，比如使用冰帽，退烧药物布洛芬、对乙酰氨基酚等，体温就能够逐渐下降，不会对大脑细胞造成影响。

另外，如果宝宝持续发烧39.6℃，可能会造成机体缺氧加重，甚至引起反复高热惊厥、并发脑膜炎等，就会影响大脑细胞正常功能，但不会烧坏脑子，只会造成后遗症产生，比如智力低下、癫痫等。