患有新生儿房间隔缺损疾病的宝宝，手术时机跟房间隔缺损的严重程度相关。

一般最好在两岁到六岁年龄段内进行手术修补，由于继发孔型房间隔缺损最为常见，小型缺损可在四岁内约有15%的儿童可以自然闭合，因此应该定期复查心脏彩超，如果超过四岁房间隔缺损仍未闭合，则应该进行手术修补。由于成年后容易发生心力衰竭以及肺动脉高压，因此房间隔缺损需要治疗。

目前首选蘑菇伞装置封闭缺损部位，属于介入手术方式，损伤较小，手术指征为当肺循环血流量为体循环血流量的1.5倍以上者的房间隔缺损患儿应当积极进行。