小便过后肚子疼可能为膀胱病变所引起，比如慢性的膀胱炎或者是膀胱结石。

如果膀胱内出现炎症感染，由于炎症会对膀胱黏膜造成刺激，会使黏膜充血水肿，甚至会出现糜烂的情况。在排尿以后由于膀胱会收缩，就会对糜烂的部位造成刺激，从而引起小腹疼痛。在确诊后应及时进行抗感染治疗，避免感染加重。

如果存在膀胱结石，结石也会对黏膜造成刺激，而导致黏膜出现损伤。在排尿以后就会出现膀胱区疼痛的症状，也就是小肚子疼。还伴有血尿、排尿中断、排尿困难等症状。