早上起床小便痛的原因如下：

1.如果仅仅是轻度的尿道疼痛，可能为局部尿道损伤所引起。比如在晚上进行性生活时用力不当，可能会导致尿道局部损伤，就会引起排尿疼痛，应当多注意休息，多饮水、多排尿，通常在2~3天后会自愈。

2.如果排尿疼痛还伴有尿频、尿急等症状，可能是尿道炎所引起。在确诊以后，应使用抗菌性的药物进行治疗，比如左氧氟沙星、阿莫西林等。

3.排尿疼痛还可能为尿道结石所引起，一般还伴有血尿。在确诊以后，应当进行排石处理。