咽喉囊肿一般是无法自己消失。

因为咽喉囊肿一旦发病，就说明咽喉处出现囊肿样的赘生物，这种占位性病变是不属于咽喉本身的生理解剖结构，所以也不可能会自行消失。对于咽喉囊肿个体比较小，并且没有导致严重的临床症状时，通常不需要特殊处理，定期进行随诊观察即可。

但如果较小的咽喉囊肿在短时间内迅速长大，或者咽喉囊肿在长大之后，影响患者的呼吸、日常的饮食以及发声等功能，就建议通过手术的方式进行切除。