肛周脓肿可以通过药物和手术去除。肛周脓肿依据脓肿的位置、程度和深浅，治疗方法不同。比如肛周皮肤毛囊引起的局部皮下，小的浅部脓肿，在病情早期及时服用抗生素、局部外涂消炎杀菌药膏、盆浴等，一般可以痊愈。

而最多见的肛周脓肿，尤其深部脓肿，只能采取手术干预，及早行脓肿切开引流术，把脓液引出，疼痛随即减轻或者消失，进入下一病程，形成肛瘘。

肛周脓肿也可以一次性手术治疗，在直肠内齿状线触摸肥大的肛乳头，寻找内口，沿内口插入探针，进入脓腔，在脓肿皮肤最薄弱处穿出，沿探针切开脓肿。