新生儿巨细胞病毒感染分为先天性感染和围生期感染，先天性感染的常见临床症状，包括早产、宫内发育迟缓、黄疸、肝脾肿大、肝功能损害、皮肤瘀斑、血小板减少、贫血、脉络膜视网膜炎、脑钙化、腹股沟疝，极低出生体重儿巨细胞病毒肺炎可引起慢性肺部疾病。巨细胞病毒感染常见的后遗症是出现智力低下、运动障碍、癫痫等，尤为突出的是感觉神经性耳聋。而围生期感染在新生儿期的主要表现是出现肝炎和间质性肺炎，早产儿还可表现为单核细胞增多症、血液系统损害以及心肌炎等。