龟头隐隐痛可能与以下几种因素有关：

1.如果男性存在包皮过长，并且不注意龟头部位的生理卫生，有可能会导致包皮垢增多，会有大量细菌或真菌滋生，引起真菌或细菌性的包皮龟头炎，就会导致龟头部位出现隐痛的症状。

2.如果男性性生活过度频繁，或者是经常手淫，与龟头部位反复地摩擦，有可能会导致龟头部位局部损伤，也会导致龟头隐隐痛。

3.如果男性患有尿道结石，结石在尿道内移动时，会对尿道造成刺激，也会引起龟头疼痛，可通过泌尿系统B超等检查明确诊断。