龟头部位隐痛最常见的原因是龟头炎症，除了龟头隐痛的表现之外，可能会伴有龟头部位分泌物增多，有时会伴有局部瘙痒，有的可能会有红疹、水疱等表现。

慢性前列腺炎是引起龟头部位隐痛的原因之一，除了龟头部位隐痛之外，还可能伴有会阴部、腰骶部、阴囊睾丸等处疼痛不适。尿道炎症也可以引起龟头部位隐痛不适，一般会伴有尿频、尿急、尿痛等，检查尿常规可出现白细胞升高。

另外，尿道结石尤其是前尿道结石，可以引起阴茎远端放射性疼痛，通过阴茎彩超或者膀胱尿道镜可以确诊。