1.结核性脑膜炎多亚急性起病，潮热，盗汗，纳差，乏力，消瘦等全身中毒症状严重，脑脊液蛋白明显增高，糖、氯降低，结核菌素试验阳性，可查到脑外结核病灶，脑结核病原体的检查（聚合酶链反应等）阳性可协助鉴别诊断。

2.新型隐球菌性脑膜炎，多为亚急性起病，少数为慢性起病，早期轻至中度发热，晚期高热，头痛剧烈，甚至出现抽搐，去大脑强直，病变波及脑实质可出现嗜睡、烦躁不安、谵妄等精神症状和瘫痪等局灶定位体征，脑脊液压力增高，蛋白增高，糖、氯降低，查到隐球菌可协助鉴别。

3.脑囊虫病性脑膜炎，皮下囊肿结节，血及脑脊液囊虫酶联试验阳性，脑积液嗜酸性粒细胞明显而持续升高等，有助于鉴别。

4.轻型乙型脑炎，夏末秋初季节发病，脑积液IgM明显增高。