肝胆管结石形成的主要原因，是由于胆道感染以及胆汁淤积而形成的胆色素结石。当胆道感染时，胆汁中的细菌将会分泌出一些代谢物，这些代谢物可以在胆汁中沉积最终形成结石。

胆道寄生虫病时也会引起胆汁感染，尤其是胆道蛔虫症，蛔虫或虫卵在胆道里死亡后的虫体，有可能成为结石的核心，而最终形成胆管结石。

对于肝内胆管结石，如果没有引起明显的临床症状，不需特殊处理。但是如果结石分布范围较广，结石分布于较大的肝内胆管，或者位于胆管汇合部位时，则有可能会出现黄疸。