肛瘘手术后很短时间内，大便有可能不正常，但随着术区的逐渐恢复，大便也会慢慢的恢复正常。

肛瘘术后1~2天内，患者因肛门疼痛难忍，一般不会排便。2~3天后应该开始排便，如果不能自行排便的患者，最好服用一些通便的药物，如麻仁润肠丸、双歧杆菌三联活菌胶囊等。

而且患者会因术区持续疼痛，而不敢用力排便，经常会发生排便困难的情况。所以最好是长时间服用双歧杆菌三联活菌胶囊，这种药物没有副作用，在术区恢复良好而不影响排便时，即可停止使用。