药物治疗房颤也是有效的。房颤的患者可以给予药物进行复律，并维持窦律治疗，常用的复律并维持窦律治疗的药物有胺碘酮。

房颤的患者也可以采用药物，进行控制心室率治疗。常常用来控制心室率的药物，首选β受体阻滞剂，对于采取控制心室率治疗的房颤患者，往往还要长期给予口服抗凝药，如华法林或新型的口服抗凝药如利伐沙班、达比加群等进行抗凝治疗。

临床研究表明，持续性房颤的患者，选择控制心室率加抗凝治疗，其预后与复律并维持窦律者，并无显著的差异。