药物治疗房颤是有一定的副作用的，对于房颤治疗所应用的药物有如下几种：

倍他乐克可以减慢房颤的心率，但是其有降低血压的作用，对于支气管哮喘的患者是禁止使用的，也可以引起血糖的增高、负性肌力作用等。

再比如氨碘酮，可以将房颤转复为窦性心律，维持窦性心律的一种治疗药物。因为其中含有碘，可以引起甲状腺的损害，造成药物性的甲状腺疾病。

再比如普罗帕酮，可以控制房颤的心室率和转复房颤的心律，但是此药本身可以导致心律失常的发生。

但是对房颤进行药物治疗时，要综合考虑这些因素，患者的受益是否高于药物的副作用。