虹膜囊肿一般都是良性的组织增生，很少会发生恶化。

虹膜囊肿的发生大多与眼部外伤、炎症干扰以及寄生虫等因素相关。角膜、结膜的上皮组织由于各种原因，移植于虹膜，并不断增生，形成了虹膜囊肿。如果尽早进行激光或者手术切除治疗，预后较好，不会对眼部造成明显的影响。

但是，由于位置的特殊性，部分虹膜囊肿早期不易被察觉，虹膜囊肿不断增长，可向前挤压前房或者占用大部分前房面积，阻塞小梁网，容易导致继发性青光眼的发作，建议及时切除治疗。