先天性虹膜囊肿并不是恶性肿瘤，因此不会扩散。对于体积较小或者处于静止期，并无明显并发症的虹膜囊肿，可采取观察处理，暂不需特殊治疗。

但若虹膜囊肿的体积较大，影响防水引流，导致眼压升高，继发青光眼，或者囊肿侵犯角膜内壁者，需进行手术治疗，手术时将囊肿连同受累的虹膜一并切除。

若虹膜较大，波及范围较广时，可以考虑手术切除合并激光疗法，以便彻底清除囊壁组织，降低复发率。