肝脏中长出的小水囊有可能会自行消失。

这里的小水囊其实是指肝脏的一种良性病变，也就是肝囊肿。小的非寄生虫性肝囊肿，通常不会引起明显的临床症状，也不需要治疗，注意定期复查彩超等相关检查即可。部分囊肿在随访过程中有可能会自行消失，但也有可能会逐渐增大，而对周围组织脏器产生压迫而引起明显的临床症状，此时通常需要行穿刺抽液或者手术治疗。

但是，对于寄生虫性肝囊肿，无论其大小，手术是主要的治疗方式，并且术后还需要进行药物治疗。