卵巢囊肿分为生理性卵巢囊肿和病理性卵巢囊肿，生理性囊肿不治疗会自行消失，但病理性卵巢囊肿不会自行消失。

生理性卵巢囊肿最常见的有滤泡囊肿和黄体囊肿，是在月经周期性变化过程中形成的。一般生理性卵巢囊肿在月经过后会自行消失，如果当月没消失，观察或者口服复方短效避孕药，2~3个月会自行消失。

病理性卵巢囊肿常见的有卵巢子宫内膜异位囊肿，还有不属于囊肿类的，属于囊性类的卵巢肿瘤，最常见的是浆液性卵巢肿瘤和粘液性卵巢肿瘤。这一类的肿瘤内充满液体，部分囊内除了液体外还会有实性的部分。这样的卵巢囊肿不会自行消失，并且会持续存在或逐渐增大。出现这种情况，无论是否存在不适感，都必须到医院就诊。