后脑勺疼痛比较常见，颅脑的感染可以引起后脑勺疼痛，比如脑炎、脑脓肿、脑膜炎。

另外，脑血管意外也可以引起脑部的疼痛，包括脑出血、脑栓塞、高血压引起的脑病。还有各种原因引起的脑供血不足。还有一些脑部肿瘤占位，包括良性或者恶性肿瘤。

还有脑部外伤引起的蛛网膜下腔出血、脑挫伤，还有一些神经病变，比如三叉神经痛。如果休息不好，也可以导致后脑勺的疼痛。手术或者外伤引起的脑脊液漏，也可以引起后脑勺的疼痛。