多数学者认为慢性炎症是引起的扁桃体结石的主要原因。慢性炎症的纤维化、组织黏连、扁桃体组织细胞的坏死分泌物形成钙盐的沉积而导致结石。

还有一种说法就是细菌、食物残渣、炎症分泌的黏液等阻塞了扁桃体的陷窝及其周围炎症导致排除困难，局部钙盐的沉积而形成结石。

在日常的临床工作中，结石是很难取出干净的。一般会反复的发作，解决结石的最好方法是切除慢性炎症的扁桃体。所以如果临床上碰到扁桃体结石，要积极治疗慢性的扁桃体炎。如果治疗效果不明显，可以采取手术切除的方法来彻底解决扁桃体结石。