扁桃体结石形成主要和年龄因素、药物因素以及细菌感染等有关，扁桃体结石为扁桃体表面的坏死上皮脱落组织。以及食物残留在扁桃体凹陷处，从而逐渐形成白色或黄色颗粒状物质，会有明显的异味。

其中年龄因素为成人扁桃体较大表面也不平整，食物残渣残留积蓄后长期以往会导致结石形成。而且残留的食物也容易滋生细菌，由于食物腐败和坏死的上皮，脱落逐渐硬化后形成结石。

还有一些药物因素，比如长期服用抗抑郁药、高血压药、止疼药物等，容易有口干口燥，也易因此形成扁桃体结石。