胃肠发烧和胃肠道黏膜受到刺激有关。

胃肠道内有丰富的神经，但是这些神经都受到黏膜的保护。一旦黏膜受损再受到胃酸或者其他消化液，以及很多食物刺激时，就会出现胃肠发烧。比如常见的慢性萎缩性胃炎、胃溃疡、十二指肠溃疡以及消化道结核、溃疡性结肠炎、胃肠道肿瘤等，在患有这些疾病的基础上出现黏膜受损的情况，再出现消化液分泌增多或者进食生冷、辛辣等刺激的食物，就会使肠道有烧灼感。

在出现胃肠发烧的感觉时，用抑制胃酸分泌以及保护黏膜的药物能够好转。