男性尿道口下方有个小肉粒，首先要查明病因，再应用药物或者手术治疗。

男性尿道口下方有个小肉粒，形成的原因较多，首先要到泌尿外科完善相关的病因再针对性的治疗，不同的病因选择的治疗方法是不相同。炎症性引起的小肉粒、小结节，可以给予抗生素系统规范治疗，炎症得到有效控制后，小肉粒会逐渐消失。尖锐湿疣也可引起小肉粒的突起，此病属于性传播疾病的一种。一旦确诊后性伴侣要同时治疗，可以采取激光或者手术切除，结合应用抗干扰素治疗。

总而言之，尿道口下方出现小肉粒，需要根据具体的病因来选择治疗方法，不可以盲目的治疗。