真菌性食管炎的诊断需要结合该疾病的病史、临床表现以及相关的辅助检查。

假如患者既往有受到真菌感染的病史，并且出现恶心、呕吐、反酸、嗳气以及胸骨后疼痛感、食欲下降等疾病临床表现时，建议完善相关的辅助检查，可以做血常规检查以及血清学试验。

通过血清学试验，可以明确是否有真菌的感染。同时，也需要做食管镜检查以及食管X线钡剂检查。尤其是食管镜的检查，是该疾病诊断比较常用的方法。通过食管镜的检查，可以直观地观察到食管黏膜充血、水肿、糜烂等症状。