醒来手臂酸痛，主要考虑是以下疾病所引起的：

第一，上呼吸道感染，当上呼吸道感染发病的时候，细菌或病毒会入血而引起全身的症状，患者会出现发热、手臂酸痛等症状。

第二，颈椎病，颈椎病是由于颈椎退行性变或韧带钙化、骨质增生、间盘突出等病因所导致。本病发病时会出现手臂酸痛伴有麻木感的症状，可通过颈椎三位片或颈椎核磁共振等检查，明确诊断。

第三，手臂酸痛也有可能是晚上睡眠的时候压迫了手臂，导致短时间的循环不佳而引起的。当手臂放松后，持续数分钟或数小时症状会缓解。