早上起床咳脓痰常见的病因是呼吸道感染，比如慢性支气管炎、慢性阻塞性肺疾病等。主要与细菌侵袭有关，需要应用抗生素进行抗感染治疗，比如头孢拉定、头孢氨苄、头孢克肟、阿莫西林克拉维酸钾、阿莫西林等。

如果对上述药物过敏，可以更换为罗红霉素或者阿奇霉素等。此外，需要协同化痰止咳药物治疗，比如氨溴特罗口服溶液、溴己新、盐酸氨溴索、蛇胆川贝液、川贝枇杷膏等。除口服用药治疗外，可以采取雾化吸入以及静脉输注等综合治疗。

用药治疗期间不可吸烟，同时做好个人防护，避免吸入粉尘或其他刺激性气体。