导致男性小便疼痛的原因不同，用药也不一样。

如果是感染性因素所导致的男性小便疼痛，比如膀胱炎或者是尿道炎。在确诊后，主要是使用头孢菌素或喹诺酮类的消炎药治疗，比如头孢地尼、盐酸左氧氟沙星胶囊。也可配合使用三金片等药物进行治疗，能够改善排尿不适症状，促进尿路感染疾病的康复。

如果是尿路结石所导致的小便疼痛，不需要使用消炎类药物进行治疗。当疼痛的症状较严重时，可使用非甾体类抗炎止痛药缓解，比如双氯芬酸钠、布洛芬等。