真菌性食管炎有可能需要住院治疗。尤其是有并发食管狭窄、梗阻、败血症以及食管气管瘘的患者，更需要住院治疗。

因为发生败血症等疾病时，可能会诱发真菌感染性肺炎，也可能会导致患者出现中枢神经系统的感染性疾病，严重影响患者的日常生活以及身体健康。

部分患者如果症状不典型，只有吞咽疼痛或者胸骨后烧灼感，通过口服用药治疗方式症状有所改善，可以不用住院治疗。但是需要根据医嘱，定期到医院复查，复查的目的是观察治疗的效果。