巧克力囊肿可以出现痛经、月经紊乱等，如果囊肿破裂可以引起腹痛，感染等。

另外，巧克力囊肿还会引起盆腔组织器官的粘连，影响卵巢功能可以造成排卵障碍。影响输卵管功能不能进行正常蠕动，可能会导致不孕。

如果没有明显症状可以期待治疗，痛经明显患者可以给予药物治疗。如果药物治疗效果不明显，有生育要求者，囊肿比较大的患者也可以手术治疗。建议到医院做相关检查，采取相应治疗措施。