巧克力囊肿有可能会影响月经，巧克力囊肿是因为子宫内膜异位到卵巢上，而形成的卵巢异位囊肿。因为巧克力囊肿有可能会影响卵巢实质的病变，导致不排卵，会导致黄体功能不足，所以会影响月经。

主要表现为月经期延长，月经淋漓不尽，或者经前期点滴出血。巧克力囊肿不仅仅会影响月经，还会导致下腹部疼痛，以及明显的痛经症状，导致不孕的概率也很高。

因为巧克力囊肿会导致盆腔粘连，会影响精子与卵子结合，以及受精卵的运行，从而影响怀孕，甚至导致宫外孕。所以巧克力囊肿要及时治疗，有些可以通过手术治疗，也有一些可以通过药物治疗，要进行个性化的治疗。