急性扁桃体炎未能有效控制炎症或治疗不及时易引起并发症，其危害要大于急性扁桃体炎自身。

这类并发症以局部较为多见，比如扁桃体周囊肿、咽旁囊肿以及咽喉囊肿，若炎症向上蔓延，还有可能引起急性鼻炎、鼻窦炎以及急性的中耳炎，向下迁延可导致急性喉气管炎、急性支气管炎或肺炎以及颈内静脉血栓性静脉炎等。

还可引起全身类型的并发症，比如急性关节炎、风湿热，还有可能引起包括急性心内膜炎、急性心包炎、急性全心脏炎，以及急性肾炎等等。