治疗支原体感染最常使用的药物是大环内酯类的抗生素，例如罗红霉素、红霉素、阿奇霉素等。如果使用本类抗生素发生过过敏或者其他严重不良反应，可以考虑使用喹诺酮类药物，例如氟氧沙星、左氧氟沙星、莫西沙星等。

值得注意的是青霉素类药物对支原体感染的治疗效果不佳，但是如果支原体感染还合并有其他种类的细菌感染，可以使用相关的敏感抗生素。另外，肺部支原体感染往往会出现病程较长的干咳，如果咳嗽剧烈，那么可以考虑使用镇咳药物缓解症状。如果是生殖道或者尿道发生支原体感染，那么使用抗生素治疗的时间可能较长。