慢性进行性眼外肌麻痹一开始可能会造成患者上睑下垂以及眼睛转动困难，后期可能会由于神经系统病变的加深而出现呼吸肌肌力减弱、无法吞咽等情况，可能会影响患者的生命。

慢性进行性眼外肌麻痹是一种以上睑下垂和眼球运动受限等为主要症状的一种疾病。主要是由支配眼球运动和上眼睑肌肉的神经，出现问题所导致的，也就是慢性进行性眼外肌麻痹的根源是在颅内的神经出现的疾病。

颅内神经支配全身大部分的肌肉，当颅内神经病变进一步加深时，会影响一些具有重要功能的肌肉也出现问题，如呼吸肌等，会导致患者呼吸困难，影响患者的生命健康。