输尿管炎发作时应及时的治疗，主要是针对病因的治疗行抗生素、抗感染治疗，以及对症治疗。

出现肾积水时，可采取相应的方式引流肾积水。如果出现输尿管坏死穿孔，及时进行手术治疗。对于嗜酸性输尿管炎，可以应用糖皮质激素治疗。

对于慢性的输尿管炎患者可能会引发输尿管狭窄，从而引起肾积水及反复的发热等症状。此时应多喝水，清淡饮食，感染时使用抗生素抗感染，发热时可用解热镇痛药治疗；必要时，可留置输尿管支架或肾脏造瘘手术治疗；如果肾功能丧失，可行肾切除术。