甲状舌管囊肿及瘘管在术后有可能会复发。

治疗甲状舌管囊肿及瘘管的主要方法是通过手术彻底切除囊肿以及瘘管，因为囊肿和瘘管同舌骨体有密切的关系，在手术的过程中应该切除与之相连的舌骨体中份，在一定程度上能够防止复发。

如果囊肿出现癌变，并且伴有颈淋巴结转移的时候，需要进行颈淋巴结清扫术，如果是鳞状的细胞癌，在术后需要进行放射治疗。如果是乳头状癌或者是滤泡状的癌，可以在医生的指导下使用甲状腺激素来进行抑制，以免术后复发。