阴茎上部疼痛，可能是受到外伤、性生活安排过度，也可能受到炎症感染引起的。

阴茎上出现疼痛，有可能是受到了外伤，从而导致局部出现血肿、疼痛。如果安排过多的性生活、暴力性生活、过度手淫，导致阴茎长期处于充血状态，可导致阴茎出现疼痛感。阴茎的外皮如果受到炎症的感染，由于炎症的反复刺激也可引起阴茎疼痛。

此外，阴茎硬结症、阴囊局部的肿瘤病变等这些疾病都可引起阴茎疼痛感，需要前往泌尿外科明确病因，对症给予治疗。