阴茎根部疼的原因如下：

1.如果男性在性生活时或者手淫时动作过大，有可能会导致阴茎根部出现损伤，就会引起阴茎根部疼痛的症状，出现此种情况后，应及时就医治疗，避免引起严重后果。

2.如果男性患有前列腺炎疾病，阴茎部位可能会受到神经性的刺激，就可引起阴茎根部疼痛，在久坐后，疼痛的症状比较明显，在卧床休息后可逐渐缓解，应针对前列腺炎疾病进行有效的治疗。

3.如果患有生殖器疱疹疾病，并且出现在阴茎根部，就可引起疼痛、发痒等症状。