咽角化症在治疗的时候，通常选用抗生素类型的药物。因为咽角化症的疾病发病，与口腔、咽喉及鼻腔等部位的炎症感染性疾病有关。而抗生素类型的药物，可以有效的控制全身性的炎症感染。咽角化症就会在服用药物后，得到一定的抑制。

除了使用抗生素类型的药物以外，咽角化症的治疗还可以碘化钾钠液等药物进行局部涂抹。此类药物具有良好的抗真菌、溶解和消化角化组织的功效。

但如果经过上述药物治疗后，患者的病情仍然没有得到有效的好转，就应当选择手术方式来处理。