疟疾治愈后是否会留有后遗症，与疟疾感染过程中的诊疗规范程度，以及感染严重程度相关，存在一定个体差异性。

如果疟疾患者在整个病程期间不合并严重并发症情况，同时规范接受治疗，则在治愈后一般可不留有明显后遗症。但如果疟疾患者在疟疾病程中存在严重并发症情况，或者同时合并其他脏器损伤情况，则可能会留有一定后遗症。

具体后遗症情况与病变分型有关，如脑型疟疾，存在遗留神经系统后遗症可能，如合并肾脏损伤则会存在留有慢性肾功能不全后遗症可能。