绿脓杆菌性角膜溃疡属于细菌性角膜溃疡，必须用抗生素，可以配置14毫克每毫升的妥布霉素或50毫克每毫升的头孢他定滴眼液，再联合喹诺酮类如0.3%或0.5%的氧氟沙星、加替沙星等滴眼液频繁应用。

最初可以每5分钟一次，持续30分钟，然后每30分钟一次滴眼，并根据临床反映减少滴眼次数。全身再应用抗生素，如妥布霉素、头孢他啶等等。

对于溃疡进行性发展、药物治疗效果不佳，角膜溃疡后弹力层膨出或穿孔患者，需要行治疗性角膜移植手术。