非典型肺炎治好后，绝大多数患者不会留下后遗症。

但是也有一部分患者由于没有得到及时治疗，或者像年老体弱、婴幼儿等人群本身体质比较差，又或者是本身患有心脑血管疾病和肺部疾病，病情比较严重的情况下，预后情况就不是很好。

会出现急性呼吸窘迫综合症、继发性肺纤维化、肝肾功能损害、股骨头坏死、骨质疏松、多器官功能障碍等一系列并发症，即使在治好之后，还是会留下肺间质不可逆的改变、肝肾损伤、残疾等后遗症的可能。