扁平疣可以选择抗病毒的药物，如干扰素凝胶、阿昔洛韦凝胶等进行外涂，等十分钟后再涂抹维A酸软膏来增进表皮的代谢，促进病毒的脱落。由于扁平疣是感染了人乳头瘤病毒HPV所引发的一种表皮增生性传染性皮肤病，所以选择以上药膏进行治疗。

一般连续使用三个月，大部分扁平疣的状态会有明显的改善，但是在使用维A酸软膏时患者要注意其刺激性和副作用。

如果外用药物疗效不是很好，患者可以使用二氧化碳激光配合光动力来进行治疗。同时当扁平疣出现瘙痒感时，患者应尽量避免去搔抓，以防病毒通过手部进行传播，使皮损数量越来越多。