怀孕期间针对于扁平疣没有什么特别好的治疗药物。扁平疣主要是感染人体的表皮皮肤，但是对于人体的健康是没有影响的，对于胎儿的健康也不会有影响。

如果患者在怀孕期间强烈地希望治疗扁平疣，可以考虑到医院里面去进行激光灼烧或者是冷冻治疗。

常用于治疗扁平疣的药物，对于人体的表皮都有腐蚀的作用，特别是常用的维A酸类的药物，对于胎儿的生长发育是有影响的，如果在孕期使用有可能会造成宝宝畸形的情况，所以，扁平疣在孕期不适合用药。