肛门流脓有可能会导致肛瘘，引发肛门流脓，大多是肛周化脓性感染，而如果患者是因为肛管直肠周围脓肿破溃所引起的肛门流脓，绝大多数会发展成为肛瘘。

因为肛管直肠周围脓肿是由于肛腺感染所引发的，而感染的肛腺属于肛管直肠周围脓肿的内口，后期也会演变成为肛瘘的内口。

而如果是由于肛周皮肤化脓性感染所引发的肛门流脓，大多并不会导致肛瘘形成，因为其并没有内口。

无论是哪种原因引发的肛门流脓，患者均需要注意保持脓液引流的通畅，必要时需要行手术治疗。