儿童做头部CT的危害主要是指放射线对人体的损伤，但实际上并没有什么明显的危害。

因为现在的CT技术越来越先进，扫描的时间也越来越短，对人体的辐射量也越来越低，远远低于国家规定的安全值。所以，偶尔的做一次头部CT并不会对人体产生明显的影响。

而且儿童在做头部CT的时候，医生也会用一些铅板等保护儿童的重要部位，比如眼部、甲状腺或者是性腺，尽量避免一些对放射性比较敏感的部位受到放射线的照射。医生也会权衡利弊，如果病情需要，医生一般都会选择给孩子做核磁共振来避免放射线对身体的损伤。